La serie comienza en una noche como cualquiera y puede verse, en lo alto de un rascacielos, que va a producirse un suicidio. Yomoda Chisa, una chica de nivel secundario (1° clase "B"), se lanza al vacío. Justamente, una semana después de este hecho, se revela Lain Iwakura. [Puedes encontrar más información sobre ella y los demás personajes en la sección de Personajes]. Lain es una muchacha de la misma edad que Chisa que sufre de un extrañas alucinaciones (muertes, símbolos y extrañas palabras) que aparecen justo delante de ella. Un día, cuando Lain llega a su curso, ve que una de sus compañeras está llorando, porque había recibido el dia de ayer un e-mail de Yomoda Chisa. Lo peor de todo es que no fue la única. Todos en ese curso habían recibido uno. Son sus compañeras quienes recomiendan a Lain que revise los mensajes de su correo electrónico. Llegando a su casa, Lain no resiste a la tentacion de encender su pequeña "NAVI" [un tipo de computadora cuya cualidad principal es solo permite el uso de un "dueño único" (me encantaría que existieran)], y (como no podía ser de otra forma) el e-mail de Chisa estaba en su correo. En este mail le pedía a Lain que no se preocupe por ella, puesto que ella (Chisa) no estaba muerta, sino que habia "abandonado su cuerpo", y seguía viva, aunque Lain no comprendía el cómo de esta situación, Chisa le promete que " ... lo comprenderá... al igual que todos los demás", Chisa la invita a entrar en la "WIRED" [un universo paralelo, creado por las redes de telecomunicaciones (para reemplazar al nuestro)]. Sin embargo, había que responder a una pregunta : "¿Porque Chisa se habia suicidado?" Después de estos hechos, Lain empieza a ver de otra manera a la Wired y las Navis, y comienza a interesarse en una gran cantidad de cosas extrañas que la llevan a entrar en la red. Convence a su padre para que le compre una nueva Navi, más poderosa que la anterior, a la que equipará con el macabro y misterioso procesador de "psyche". A todo lo sucedido ya, tenemos que agregar que en un club llamado "Cyberia", ella encuentra a una chica idéntica a sí misma, con la única diferencia posible : un carácter totalmente distinto; y la relativa relación entre un nuevo juego de la red, la muerte de Chisa y las muertes de varios chicos más.