En un Japón futurista, donde las calles se han covertido en un peligro constante gracias a las diferentes pandillas que han surgido y que hacen de éstas su propiedad, combatiendo así con todo aquel que pase por "su territorio".

En este entorno se encuentra Kaneda, combatiendo a una pandilla, junto con sus amigos. Mientras que en otro lado de la ciudad se está llevando a cabo una manifestación, de entre la multitud aparece un tipo con un niño, los cuales son perseguidos por una especie de guardias, quienes al rodearlos, matan al hombre, debido a esto el niño entra en "shock" que hace que se escuche un gran estruendo y las paredes caigan, una chica observa todo y queda sorprendida pero antes de que pudiera hacer algo llega la policía y atrapan a varios protestantes junto con ella.

Mientras tanto Tatzuo, compañero de Kaneda, persigue a un pandillero enemigo cuando es sorprendido por el niño del "shock"(que desaparece misteriosamente en la escena anterior), que se para en medio de la carretera, y hace que Tatzuo caiga lastimándose gravemente, cuando llegan sus compañeros a auxiliarlo aparecen los mismos tipos que estaban persiguiendo al niño y los entregan a las autoridades argumentándoles que son solo unos vagos, pero al ver a Tatzuo en esas condiciones se lo llevan pese a los reclamos de Kaneda.

Como no tienen cargos son dejados en libertad, pero Kaneda sigue preocupado por Tatzuo; en este preciso instante, conoce a Kei, la chica que fue atrapada junto con los protestantes, pero al parecer ella sabe mucho de la desaparición de Tatzuo pero no dice nada y se despide de Kaneda.

Días después Tatzuo aparece frente a sus amigos, pero ya no es el mismo, ahora es más agresivo con ellos y con su novia, después de una pelea con ellos a Tatzuo le viene un fuerte dolor de cabeza que hace que se desmaye, y como no podía ser de otra forma, aparecen los mismos hombres que lo capturaron antes y se lo llevan con ellos otra vez.

Esta vez Kaneda esta dispuesto a todo para encontrar a Tatzuo, y pues, nuevamente: como no podía ser de otra forma, encuentra a Kei, quien le explica el porqué del secuestro y de la importancia de detener el terrible experimento de nombre Akira que sé esta llevando a cabo en él. Después de esto son llevados a la cárcel, de donde escapan y salen a ayudar a su amigo, pero ... Tatzuo ya escapó y ahora con mas poderes que antes, comienza a perder la cabeza y el control de sí mismo, y destruye todo lo que se encuentra a su paso, y así conoce a diferentes niños en los cuales se han realizado experimentos y al darse cuenta de que es más fuerte que ellos y por la rabia que siente al saber que él no es Akira, sino uno más de los experimentos fallidos, y que sus poderes no se comparan a los de Akira, lucha contra ellos, pero Kaneda y varios integrantes de la organización que llevaban a cabo el experimento logran hacer que los deje y salga a buscar al verdadero Akira.

Nuevamente son hechos prisioneros Kaneda y Kei, pero esta vez con la ayuda de uno de los niños logran escapar, pero ... solo era una forma de secuestrar a Kei para vencer a Tatzuo.

Kaneda está desesperado, y se prepara para la lucha contra Tatzuo. Mientras tanto Tatzuo sigue haciendo estragos en la ciudad con la intención de encontrar a Akira y tras una larga búsqueda llega al laboratorio donde lo esperan Kei y Kaneda, pero no pueden hacer mucho y son parcialmente derrotados, al final Tatzuo encuentra a Akiraen diferentes contenedores. Tras esto y al llegar la noche Tatzuo, quien tras la lucha contra Kaneda pierde un brazo, logra regenerarlo pero, su poder era demasiado para él y pierde el control, comienza a convertirse en una especie de masa deforme que absorbe todo lo que se le cruce, entonces nuevamente llega Kaneda, pero esta vez con los otros niños, para tratar de evitar un gran colapso. Al principio no pueden hacer nada, así que ... utilizan su último recurso: llamar a Akira para que detenga a Tatzuo, en este interín una fuerza extraña tranporta a todos a otro lugar, Kaneda se da cuenta de lo que pasa verdaderamente y se le deja libre, así él regresa a la Tierra, donde como no podía ser de otra forma, lo esperan Kei y uno de sus amigos, quienes preguntan por Tatzuo, a lo cual Kaneda responde que él esta bien y que esta en compañía de los niños y de Akira, dicho esto se marchan.

Se ve el espacio y se escucha una voz que dice: "Yo ... soy Tatzuo".