Veinte años antes del principio de la historia, un asteroide dirigido hacia tierra destruyó Plutón. Debido a la destrucción de Plutón, el asteroide, denominado "Thanatos", llegó a estar estancado en la órbita de Plutón.

Ahora, para evitar la destrucción inminente de la tierra, la Agencia Internacional de Desarrollo del Sistema Solar (ISDA) trabaja en el "Proyecto D", y en secreto, crea armas llamadas "Dragones".

Sin embargo, pronto descubren que el asteroide no es la única amenaza, ya que dragones malignos llegan desde Thanatos para destruir la tierra.

Después de atestiguar lo que parece ser el asesinato de una criatura extraña, Jin Kamishina, un muchacho de 18 años que perdió a su familia en el accidente de un transbordador hace dos años, termina enrolándose con el ISDA y para luchar contra los dragones de Thanatos.

Le ayuda Toa, una misteriosa muchacha que lo salva de caer después del accidente. A medida que van descubriendo más y más acerca de los misterios de los dragones, encuentran a nuevos amigos y enemigos, y van desarrollando una relación más cercana.