La historia se centra en Zero, un valiente cosmo-guerrero que sobrevivió a devastadoras batallas galácticas. Al final del siglo XXX, todas las razas de nuestra galaxia se expandieron a las lejanas fronteras del vasto universo. Es un momento de libertad y anarquía para el espacio profundo. El así llamado "Carril Infinito" del Ferrocarril Galaxy Express ahora llega más allá de Andrómeda. Un Nuevo tipo de humanoide llamado "hombre mecanizado" comienza a emerger en la Tierra. El hombre mecanizado posee tecnología de avanzada y vida immortal. No obstante, este humanoide a menudo pierde su alma y se vuelve malvado y cruel. Ante sucesos que ponen en peligro la vida de la gente, esta se alza contra el dominio de los cada vez más numerosos inmortales mecanizados. La batalla se extiende por toda la Tierra y al final, los seres humanos "de carne y hueso" son derrotados. Los hombres mecanizados comienzan a reinar sobre la tierra. Los humanos comienzan a tratar de acomodarse a la vida bajo el control de los inmortales. Algunos encuentran que es posible aceptar las nuevas reglas y tomar el camino más fácil. Otros soportan días difíciles. Y otros dejan la Tierra, esperando encontrar el futuro de la humanidad en alguna parte del universo. Zero es el comandante de la Flota Independiente, las Fuerzas Armadas de la Tierra. Ha perdido a su familia y amigos en la guerra entre los seres humanos y los hombres mecanizados. Se ve separado de su mejor amigo, el Capitán Harlock, con quien luchó codo a codo. Ya no tiene esperanzas ni sueños ni un objetivo que perseguir en su vida. Un día, Zero recibe la orden del Comandante Supremo: debe perseguir a un pirata especial conocido como el Capitán Harlock. Zero se sorprende. Duda. Detesta esta misión. El Capitán Harlock sólo ataca las naves de los hombres mecanizados. ¿Por qué debería ayudar a los inmortales? Tras meditarlo largamente, Zero decide aceptar la mission. Este solitario cosmo-guerrero necesita una buena razón para vivir. Necesita encontrar el verdadero significado de su vida como ser humano. Al enerarse de la partida de Zero, el Capitán Harlock aguarda que llegue su viejo amigo, ahora un enemigo inflexible que viene a destruirlo. De alguna manera, sabe que llegará el día en que deba enfrentarse a Zero, su antiguo camarada... ¿Qué será lo que universo infinito reserve para Zero?